Faktorová analýza vznikla v oblasti psychologie. Za jejího zakladatele je považován Charles Spearman, který v roce 1904 v článku o povaze inteligence navrhl hypotézu o existenci společného faktoru „obecné intelektové schopnosti“, způsobujícího korelace mezi výsledky různých inteligenčních testů. Kromě společného faktoru předpokládal Charles Spearman i řadu specifických faktorů, z nichž každý se uplatňuje jen v rámci daného testu a nekoreluje s ostatními.

O další rozvoj faktorové analýzy se zasloužil L. L. Thurstone, který rozšířil Spearmanův model jediného společného faktoru na model vícefaktorový, a další psychologové, jako R. B. Catell, C. Burt, G. Thomson, ale také statistikové, např. D.N. Lawley, H. Hotelling, M. S. Bartlett, C. R. Rao a další.

Faktorová analýza byla po dlouhou dobu používána téměř výhradně v psychologii. V posledních čtyřiceti letech však v souvislosti s růstem výpočetních možností, v důsledku odstranění některých subjektivních prvků metody a úzce psychometrické interpretace i opuštění původních metod faktorových řešení pronikla faktorová analýza i do dalších oborů - sociologie, zdravotnictví, marketingu a dalších.

Primární funkcí faktorové analýzy je redukce proměnných. Tu lze provést pouze za podmínky vzájemných závislostí proměnných a předpokladu, že tyto závislosti jsou důsledkem působení určitého menšího počtu v pozadí stojících neměřitelných veličin. Tyto veličiny jsou označovány jako faktory.